Si parte dalla maestosa Basilica di San Francesco, costitutita da due chiese sovrapposte del 1200 e dalla cripta che custodisce la tomba del Santo eretta nel 1822 – 1824. La piazza da cui si accede alla chiesa inferiore è circondata da portici del 1474. Il bel portale gotico, sormontato da tre rosoni, è della seconda metà del XIII secolo. Notevoli le vetrate, attribuite a Giovanni di Bonino ed ai suoi collaboratori.
La chiesa superiore ha una semplice facciata a capanna, impreziosita da un portale gotico e da uno splendido rosone. L’interno gotico, ad una sola navata, illuminato da grandi vetrate è il prototipo delle chiese francescane.
Il complesso basilicale comprende un campanile romanico del 1239 che dal Sacro Convento si innalza maestoso sulla pianura sottostante. Il Convento ospita l’Istituto Teologico, una Biblioteca ricca di codici e cinquecentine, il Tesoro, esposto nella Sala Gotica e la Collezione Perkins costituita da opere di maestri italiani, soprattutto senesi e fiorentini.
Degni di nota gli affreschi: nella chiesa inferiore nacque la grande pittura italiana, la navata conserva opere del Maestro di San Francesco; la Cappella di San Martino presenta il ciclo completo delle Storie di San Martino (1312 – 1315) dipinto da Simone Martini; la Cappella della Maddalena fu affrescata invece da Giotto dopo il 1305; il transetto destro conserva un affresco di Cimabue (1280) e otto Storie dell’infanzia di Cristo dipinta da Giotto. Nel transetto sinistro Pietro Lorenzetti dipinse, nei primi anni del XIV secolo Storie della Passione di Cristo e la celebre Madonna dei Tramonti. La crociera sopre l’altare, dipinta dal Maestro delle Vele, rappresenta la Gloria di San Francesco e le Allegorie dell’Obbedienza, Castità e Povertà.
La chiesa superiore custodisce affreschi ancora più noti: il Presbitero fu affrescato da Cimabue, dal Maestro Oltremontano e da Jacopo Torriti. La navata fu decorata nella parte superiore con Storie del Vecchio e del Nuovo Testamento da maestri romani e locali, fra cui si sono individuati Jacopo Torriti, il maestro di Isacco, il Maestro della Pentecoste ed il Maestro della Cattura.
Il registro inferiore della navata è occupato da un notissimo ciclo giottesco formato da 28 riquadri che illustrano i momenti salienti della vita di San Francesco.
Dalla Basilica ha inizio la via San Francesco, dove si può ammirare la Loggia dei Maestri Comacini, risalente al XIII secolo poi ampliata nel XV secolo, dietro la quale il vicolo di Sant’Andrea conduce al quartiere di San Giacomo dove si trova la Chiesa di Santa Margherita. Proseguendo per la via si trova l’Oratorio dei Pellegrini con affreschi del XV secolo di Matteo da Gualdo e del Mezzastris e la Pinacoteca Comunale con sede nel Palazzo Vallemani. Superato il Cine-teatro Metastasio si giunge all’altezza del Museo e Foro Romano, in via Portica, con reperti dell’epoca umbra-romana ed il foro posizionati sotto la piazza del Comune; in superficie la piazza del Comune è caratterizzata dal Tempio Romano detto della Minerva (I secolo a.C.) al cui fianco sorge la Torre del Popolo (XIII secolo). Di fronte si erge il palazzo Comunale, il cui nucleo originario è costituito dal Palazzo dei Priori a cui furono poi aggiunti altri corpi di fabbrica.
Sulla destra si erge la Chiesa Nuova, eretta nel 1615 sui resti di un edificio ritenuto la casa paterna di San Francesco, che sarebbe nato nell’adiacente Oratorio di San Francesco Piccolino. Proseguendo lungo corso Mazzini e via Santa Chiara si giunge di fronte alla Basilica dedicata alla Santa di Assisi: eretta fra il 1257 ed il 1265, secondo il modello francescano, ha facciata a capanna ed una sola navata. La Cappella di San Giorgio conserva interessanti affreschi ed il crocefisso che parlò a San Francesco portandolo alla conversione; nella cripta è custodito il corpo della Santa.
